Em 2012, Conceição começou a trabalhar como técnico, liderando cinco times da primeira divisão do seu país e o Nantes na Ligue 1. Ele estabeleceu o recorde de mais jogos como técnico do Porto, conquistando 11 títulos, incluindo três títulos da liga e a dobradinha em 2019-20 e 2021-22 . Após sair em junho de 2024, ingressou no Milan em dezembro daquele ano.
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